Как сказано на официальном портале СК, Вадима Тимофеева, отвечавшего в компании «Як Сервис» за организацию летной работы, обвиняют в нарушении правил безопасности движения и эксплуатации воздушного транспорта. По версии следователей, к катастрофе, унесшей жизни 44 человек, в том числе привело и то, что экипаж самолета был допущен сотрудниками «Як Сервис» к выполнению рейса с грубейшими нарушениями правил. В ходе расследования, как сообщает СК РФ, было установлено, что экипаж упавшего при взлете в аэропорту Туношна Ярославской области Як-42 был допущен Тимофеевым к рейсу незаконно и на момент катастрофы не имел права выполнения самостоятельных полетов. В частности, информирует Следственный комитет, допуск к полету командира судна был оформлен Тимофеевым на основании сфальсифицированных документов, а второй пилот на тот момент не окончил переобучение на Як-42 и не имел права летать. В сообщении СК РФ отмечается, что все эти провалы в подготовке полета являются дополнением к нарушениям в работе членов экипажа самолета. Пилоты Як-42 погибли во время крушения.

Как сказано в заключении Международного авиационного комитета, проводившего собственное расследование катастрофы, компания «Як Сервис» представляла собой закрытое акционерное общество с уставным капиталом в 40 тысяч рублей (около 1,2 тысячи долларов). Своих самолетов у нее не было, и воздушные суда вместе с экипажами и техническим персоналом передавались в авиакомпанию на правах аренды частными владельцами и государственными предприятиями.

Фактически, отмечают специалисты МАК, данная компания представляла собой только формальное юридическое лицо, позволяющее владельцам судна выполнять полеты.

Оплачивали эксплуатацию самолетов, по данным МАК, их владельцы. В заключении комитета подчеркивается, что владельцы воздушных судов, при определенных условиях, передавали свои самолеты, экипажи и персонал в другие авиакомпании. При такой организации, пишут эксперты, плановую подготовку членов экипажей организовать практически невозможно. Организация летной работы и система управления безопасностью полетов в авиакомпании по факту отсутствовали, отмечают в МАК.

После проверок, проведенных по следам авиакатастрофы, «Як Сервис» была лишена лицензии. В целом МАК пришел к выводам, что авария произошла из-за ошибок экипажа. В отчете отмечается, что в тканях второго пилота был обнаружен фенобарбитал. Данный препарат относится к депрессантам нервной системы, и принимающие их пилоты к летной работе не допускаются. В дополнение к этому специалисты отмечают нарушения в подготовке пилотов к полетам именно на Як-42.

Семьи и коллеги погибших членов экипажа Як-42 выражали сомнение в том, что официальное расследование трагедии было объективным, и заявляли о намерении потребовать независимого расследования. По мнению близких погибших пилотов, обвинить экипаж и на этом закрыть дело — «слишком простая и удобная версия». Их родственники убеждены, что столь опытные летчики, как управлявшие самолетом Андрей Соломенцев и второй пилот Игорь Жевелов, не могли допустить таких ошибок. Отчет официальной комиссии после его публикации в октябре 2011 года подвергся критике и со стороны авиационных экспертов.